Sequencing & Oligo Service

MACROGEN SERVICES

Sequencing Service

Identification 16S/18S/26S rRNA

Fragment Analysis

Oligo Synthesis

MACROGEN
User Guide
Capillary Electrophoresis Sequencing

1. Standard Sequencing

เป็นการรับบริการวิเคราะห์หาลําดับนิวคลีโอไทด์ (Sequencing) ชนิดที่เป็นการอ่านลําดับเบสทั่วไป ซึ่งสามารถตรวจหาลําดับนิวคลีโอไทด์ ทั้งจากตัวอย่าง PCR product, Plasmid สามารถวิเคราะห์ลําดับเบสได้มากถึง 1,050 bp และมีความถูกต้องแม่นยําถึง 99% รวมทั้งมีUniversal primer ให้บริการฟรีในกรณีที่ต้องใช้Universal primer ในการวิเคราะห์ สําหรับตัวอย่างที่ยังไม่ผ่านการทําบริสุทธิ์สามารถใช้บริการ PCR Purification ได้ เมื่อการบริการ Sequencing เสร็จสิ้น ผลการวิเคราะห์จะถูกนําไปเทียบเคียงกับ Blast X, Blast N ให้ด้วยโปรแกรม Bioinformatics

2. EZ-Seq (Barcode Sequencing)

มีบริการวิเคราะห์หาลําดับนิวคลีโอไทด์ แบบที่เรียกว่า EZ-Seq การบริการแบบนี้คือ นักวิจัยสามารถเตรียมตัวอย่าง PCR product หรือ Plasmid ที่ต้องการหาลําดับนิวคลีโอไทด์ผสมรวมกับ Primers ที่ต้องการแล้วส่งกลับมาหาเราเพื่อทําการติด Barcode เพียงเท่านี้ Macrogen ก็สามารถวิเคราะห์หาลําดับนิวคลีโอไทด์ของDNA ต้นแบบให้ได้

3. Difficult Sequencing

ในกรณีที่ตัวอย่างที่ต้องการวิเคราะห์หาลําดับนิวคลีโอไทด์มี GC สูง หรือมีการซํ้าซ้อนของเบส (Repetitive) ค่อนข้างสูง ทําให้ยากต่อการหาลําดับนิวคลีโอไทด์ ทาง Macrogen มีบริการวิเคราะห์หาลําดับนิวคลีโอไทด์สําหรับตัวอย่างเหล่านี้ไว้ด้วย

4. 16S/18S (ITS region) rRNA Sequencing

ให้บริการหาลําดับลําดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S/18S/26S rRNA ที่มาจากแบคทีเรีย, รา โดยใช้หลักการ Sanger Sequencing เพียงส่งโคโลนีของแบคทีเรีย, รา หรือตัวอย่างอื่นๆ ที่ต้องการหาลําดับนิวคลีโอไทด์ ทาง Macrogen จะทําการสกัดดีเอ็นเอตัวอย่างพร้อมทํา PCR และหาลําดับนิวคลีโอไทด์รวมถึงบริการวิเคราะห์ข้อมูลด้วยโปรแกรมทาง

5. Primer Walking

ให้บริการวิเคราะห์หาลําดับนิวคลีโอไทด์ที่มีความยาว >1 kb สามารถใช้ได้กับตัวอย่าง PCR product, Plasmid หรือUn-Purified PCR Product

6. SNP/Mutation Analysis

ให้บริการตรวจวิเคราะห์หา Single Nucleotide Polymorphism (SNP) แบบครบวงจร ตั้งแต่ทํา PCR Optimization, Purification, Sequencing และการหาตําแหน่ง SNP (SNP Discovery)

7. Human mtDNA Sequencing

ให้บริการหาลําดับนิวคลีโอไทด์ของ Mitrochondria DNA โดยใช้ไพรเมอร์ 15 set สําหรับทํา PCR และหานิวคลีโอไทด์ด้วยไพรเมอร์ 32 set เพื่อให้ได้นิวคลีโอไทด์เส้นเต็มของ Mitrochondria DNA

Sample and Primer Preperation Guide (for 1 reaction)

Template / Service	Concentration	Sample Volume	Primer Volume + Concentration	Remarks
Plasmid	100~200ng/ul	5ul (Minimum 10ul)	5ul (5pmol/ul)
PCR product (below 600bp) Purified / Unpurified	10~30ng/ul	5ul (Minimum 10ul)	5ul (5pmol/ul)	5-10ng /ul per 100bp
PCR product (over 600bp) Purified / Unpurified	30~60ng/ul		5ul (5pmol/ul)	5-10ng /ul per 100bp
Difficult Sequencing	100ng/ul	10ul	5ul (5pmol/ul)
Primer Walking	100~150ng/ul	10~15ul per 1kb		1-1.5ug / kb (for an insert size of up to 4kb)
16S/18S/26S rRNA & ITS region full Sequencing (gDNA)	30~50ng/ul	50ul		* Agar Plates: Petri dishes * Glycerol Stocks: 1.5ml tubes.
PCR amplification (gDNA)	> 50ng	10ul (Minimum 10ul)	20ul (10pmol/ul)